到瞭3月19日，隨著疫情在世界各地的快速發展，美國海軍也意識到這種病毒一旦在航母上爆發的嚴重後果，為應對艦上可能出現的疫情，美國海軍前沿部署的醫學防護部隊和海軍醫療研究中心的成員在這一天也登上瞭羅斯福號航母，攜帶多種專業檢測裝備登艦，這些設備包括FilmArray測試儀、ABI一站式RT-PCR檢測機，都可以用於新型冠狀病毒的快速檢測。這意味著，一旦航母上的水兵出現感染癥狀，就可以立即在艦上進行檢測，而無需將其送到岸上。
這支防疫“特種部隊”剛上航母就馬不停蹄地搭建臨時實驗室、臨時隔離區，開展對所有艦員進行檢測的工作。隨後在3月24日，美國媒體曝出羅斯福號上3人確診，這是美軍航母首次出現新冠肺炎確診病例，也是美軍首次在執行部署任務的軍艦上發現病毒檢測陽性的病例。
不過就在被曝出首次確診病例的當天，羅斯福號航母依然十分活躍，與美利堅號兩棲攻擊艦、藍嶺號兩棲指揮艦、綠灣號和日耳曼城號兩棲船塢登陸艦等共6艘美國第七艦隊主力戰艦再次在菲律賓海上舉行編隊航行訓練，在海上“秀肌肉”。
從羅斯福號以上的活動軌跡來看，最大可能出現的感染源就是在訪問越南期間。而且從時間點上來看，在3月10日結束越南訪問後到3月24日兩周時間出現確診病例，也有一定吻合。不過也不能排除羅斯福號航母通過其他途徑引入病毒的可能，在與美國其他軍艦進行聯合演練以及海上補給期間，羅斯福號與其他美軍艦船也可能有人員往來。而且在海上航行的航母也不是完全孤立，航母上的C-2運輸機能夠很方便地在航母和陸地間運送人員，包括準備休假和休假歸來的航母艦員。
軍事專傢宋忠平27日表示，羅斯福號當下面臨的主要任務是停靠關島，在軍事基地對人員進行全員隔離，對整艘航母進行徹底的消殺工作。按照此前美國海軍應對疫情的規定，美國軍艦在離開上一個港口後，必須在海上隔離14天，確定沒有人感染後才能停靠海軍基地。而現在羅斯福號的狀況比較尷尬，剛達到14天的海上隔離標準，卻立即出現瞭確診病例。目前該航母已經在菲律賓海上徘徊數日，理論上來說開到關島停開也就是“一腳油”的事，卻遲遲沒有行動，看來美國目前對於是否該允許羅斯福號在關島停靠心裡也沒有準數。
目前羅斯福號已經通過艦載直升機將多名感染水兵運送到關島基地的醫療機構進行隔離和治療，不過這也引發瞭基地內人員的擔憂。部署在關島海軍基地的一些美軍人員，已經被命令將一些基地設施改造成臨時的隔離所，以便從已爆發新冠病毒疫情的“羅斯福”號航母上，收容其部分艦員。在《野獸日報》26日的報道中，一位參與隔離設施建設的美軍士兵坦言，一些部隊擔心他們會被來自羅斯福號航母的艦員傳染新冠病毒。這位美國軍人補充說：“我們完瞭(We'refucked)。”