孙承宗抵达通州，圣旨下来，要他回关外去。营救杨、左的努力失败了。
不久，东林党35人遇难。孙承宗作《三十五忠诗》，在诗中公开表达：“东林饶善士，予敢附东林。”坚定地站在处境危难的东林党一边。
东林党得势时，他并不攀附，甚至公开唱反调；但当东林党失势时，他却选择站在弱势一边，不惜牺牲自己的政治前途。
在孙承宗眼里，没有党争与意气之争，只有是非与节气。
天启五年（1625），孙承宗从督师辽东的位子上被撸下来，就是因为得罪了阉党。阉党群起上疏弹劾他，居心险恶地将孙承宗比作历史上的王敦、李怀光。
当孙承宗面对恶意中伤，被迫解甲归田时，阉党以为他们赢了，其实输掉的是整个帝国。
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时间回到天启二年（1622）。广宁（今辽宁北镇县）战役，明军又败给了后金。
时任辽东经略王在晋，消极退守，打算放弃辽西大片土地，直接在山海关外再筑一道重关。属下袁崇焕、沈棨、孙元化等人不同意，向朝廷报告。朝廷一时不能下决策。
孙承宗自告奋勇出关察看定夺。
经过实地考察，他当场与王在晋辩论，彻底否定了修筑重关的意见，提出必须坚守关外的宁远（今辽宁兴城）及觉华岛（兴城南面的海岛）。
回京后，孙承宗面奏皇帝，说明王在晋不堪重任，自请出关督师辽东。
自万历四十七年（1619），萨尔浒之战战败后，明军与后金攻守转换，辽东战局就成为帝国边将的修罗场，不是战败自杀，就是被捕下狱，鲜有人能全身而退。
当时，帝都朝中弥漫着一股贪生怕死的情绪，都不敢到关外任职，说是“入关一步便为乐国，出关一步便是鬼乡”。
熊廷弼被下狱后，辽东经略空缺。朝廷任命解经邦顶上，解经邦畏难推却，抵死力辞，遭到削籍处分。廷臣再推王在晋，王在晋也苦苦推辞，又怕步解经邦后尘，不得已才赴任。
了解这个背景，我们才能感受到，此时此刻主动请缨出关的官员，该有一种怎样的气魄和担当。
孙承宗这年已经60岁。如此高龄，仍自请前往文臣武将视为“死地”的关外，更显难能可贵。
天启皇帝任命他为兵部尚书兼蓟辽总督。
上任伊始，孙承宗就向皇帝表明心迹：
今天下事无一不难，而兵事更难。自非负十分精敏之才，兼几分痴騃之性，决不肯妄承于身。所谓痴騃者，习闻忠君爱国之说，不徇人情，不听私属，投之贿必告于朝，遗之书必闻于众。
这是孙承宗的夫子自道，从42岁进入官场开始，他就很有主见，不结交权贵，也不培植私人势力，是污浊官场中一股难得的清流。为此，他也十分担心，离开帝都后，皇帝若听信谗言，自己在辽东的抱负将无法施展。