瑞士宗教战争结束后，1618年，德国因宗教冲突爆发“三十年战争”，影响了整个欧洲。瑞士国家根据交战各方的宗教信仰为其提供雇佣军。其中天主教国家为天主教哈布斯堡提供雇佣兵，新教国家为新教国家如荷兰提供雇佣兵。
▲瑞士联邦家谱
然而，瑞士国家只把雇佣军视为有利可图的生意。为了整个邦联的利益，瑞士各州没有直接参与战争，也没有偏袒任何国家。所有国家都允许与交战国家进行贸易和资源支持。在这场战争中，瑞士国家的选择为其后来的内政外交选择提供了范例。
战后，瑞士联邦完全独立于神圣罗马帝国。到18世纪，苏黎世、巴塞尔、伯尔尼等新教国家工商业发达，经济远强于天主教国家。
然而，瑞士松散的邦联制度在法国大革命的冲击下消失了。1798年，拿破仑以“拯救瑞士人民免受贵族压迫”为借口出兵占领瑞士。邦联制度崩溃，取而代之的是中央集权的“赫尔维蒂奇共和国”。虽然它仍然由瑞士人管理，但它必须服从法国的命令。赫尔维蒂共和国于1803年解散，仅存在了五年。
▲举着瑞士共和国三色旗的旗手
法国的中央集权遭到大多数瑞士人的反对，但也有少数人愿意服从中央集权制。瑞士开始有两大派别:支持中央集权的“统一派”和主张地方自治的“联邦派”。
经过协商，在拿破仑的领导下，瑞士成为联邦国家，废除了赫尔维蒂奇共和国，形成了州与州之间、州与联邦政府之间权力平衡的新宪法。但是这个时候，为了兼顾各州的利益，首都有轮换制度。
拿破仑战争失败后，欧洲国家于1815年在维也纳举行会议。为了削弱法国的实力，战胜国同意将汝拉、日内瓦、纳沙泰尔等法语区转移到瑞士，极大地增加了瑞士的法语人口，从此瑞士的版图就固定下来了。
▲在维也纳会议上，瑞士被确立为永久中立国
第三，从邦联到联邦，伯尔尼是首都
对于习惯于地方自治的瑞士人来说，1789年法国大革命前的瑞士邦联制度，虽然有利于维护地方各州的权利，但邦联制度下的弱势中央政府在遇到外交困难时难以发挥任何作用。
为了更好地协调与周边大国的关系，1815年，瑞士制定了宪法来维护瑞士联邦制度，这意味着瑞士开始从邦联走向联邦制。但在中央与地方的权力分配上，这部宪法还是以维护地方政府为主。
瑞士十几个新教州在经济上远远好于七个天主教州，一些保守的天主教州觉得自己在联邦内受到了不公平的对待，想要脱离联邦。
▲1847年“独立战争联盟”中，联邦党人获胜
从1830年开始，瑞士保守派(天主教徒)和改革派(新教徒)已经斗争了18年。最后，代表80%人口和经济最发达地区的新教国家获胜。