卡佩罗在西班牙度过一个赛季后回到了米兰，但是他允许巴乔自由离开圣西罗。在短短的三年时间里，巴乔迅速衰落。以一种非常不公平的方式，尽管他的比赛不再像过去那样顺利，但他在三年内两次赢得意甲冠军。30岁的时候，巴乔已经告别了圣殿。
博洛尼亚重生
在被当时的帕尔马教练卡洛·安切洛蒂拒绝后，巴乔加入了中游球队博洛尼亚，目标是在1998年法国世界杯上重返国家队。当时，这个目标似乎不现实。随着皮耶罗、维埃里、因扎吉和托蒂从冉冉崛起，谁需要巴乔？
“在足球界，人们的记忆力很差，”巴乔说。“目前，我仍然是进球最多的意大利国家队，在过去的三年里，我几乎没有为国家队效力过。”来到博洛尼亚的巴乔剪掉了他标志性的马尾辫。许多人认为巴乔在理发。然而，有关方面说，“这没有任何特殊意义。我只是厌倦了这种发型，决定剪掉它。”然而，在1997/98赛季，巴乔有着近年来罕见的精彩表现。也许独自骑马的人会少一些，但新巴乔在效率和杀伤力方面更为突出。
他仍然稳稳地拿着球，在狭窄的空范围内来回移动。在博洛尼亚，控球处于劣势，他的决断力和节奏有了很大的提高，当他控球有限时，他肯定能把腐败变成魔术。
在更靠前的位置上，巴乔和瑞典前锋安德森组成了一个超级搭档。除了保持控球能力，巴乔现在已经成为了一个进球杀手。当巴乔在本赛季意甲的单个赛季中进球最多的时候，他超过了巴蒂斯塔和皮耶罗。在巴乔的比赛中，曾经让球迷着迷的各种挑剔的射门、任意球和带球越过守门员再次出现。
蓝色救赎
这时候，越来越多的人呼吁巴乔回到国家队，包括一些强烈批评他并开始再次支持他的人。老马尔蒂尼遵从公众意见，将巴乔纳入1998年法国世界杯阵容，巴乔也满足了人们对他的期望。“我相信我已经把所有的痛苦都变成了积极的力量，”巴乔说。洗刷四年前耻辱的机会就在眼前。
意大利在四分之一决赛中输掉了点球大战，但是巴乔在一定程度上挽回了自己。在小组赛第一场对智利的比赛中，意大利在落后一球后赢得了一个珍贵的点球。自1994年的玫瑰碗比赛以来，巴乔从未接受过意大利的点球，但这次他勇敢地站在了12码处。整个世界的目光都聚焦在他忧郁的眼睛上，奔跑着，射击着！球进了！
最后一支舞
世界杯后，巴乔在国际米兰踢了两个赛季，表现不错。此后，他来到布雷西亚，在那里度过了他职业生涯的最后四年。然而，巴乔的表现如此出色，有些人甚至邀请他代表意大利参加2004年欧洲杯。但是经历了太多“死亡”和“重生”的巴乔，已经累了。巴乔说:“当我真的挂靴的时候，我感到解脱了。”。