2000年夏天，18岁的米西莫维奇成功晋升为拜仁二世，并开始代表球队参加巴伐利亚地区联赛。当时，拜仁二号的教练是赫尔曼·格兰德，他被称为“老虎”。根据米西莫维奇的记忆，他是受格兰德教练“体罚”最多的球员之一。
米西莫维奇在拜仁二队的第一个进球
也是在那个夏天，米西莫维奇入选了前南斯拉夫国家青年队，并参加了在芬兰举行的U18欧洲青年锦标赛。在这支年轻的国家队里，除了米西，还有欧洲足球的明星，比如未来的拉佐维奇和维迪奇。
在拜仁的第二支球队的四个赛季中，米西莫维奇为球队出场103次，进了44个球。作为一名游走于中场和进攻线之间的前锋球员，米西莫维奇的进球率令人惊叹。然而，当时也有像施魏因施泰格和特罗霍夫斯基这样的优秀球员与拜仁的二队竞争，所以米西莫维奇没有表现出太多的组织才能。
正是因为位置的不确定性，米西莫维奇在中前场发展出了一种“黄金油”的属性。在2002/03赛季，拜仁教练希斯菲尔德注意到这个全面发展的年轻人，让他开始在一线队训练。
2003年4月12日，在德甲2002/03赛季的第28轮，拜仁在主场奥林匹克体育场迎战云达不莱梅。在比赛的第78分钟，米西莫维奇替补出场，完成了他在一线队和德甲联赛的处子秀。
米西，穿着拜仁35号球衣
但也许米西莫维奇自己并不认为第一场比赛的12分钟是他代表拜仁一线队参加一场比赛的最长时间。在接下来的两个赛季中，米西莫维奇只代表拜仁一队出场12次，总共出场2次，上场时间为2分钟。尽管米西莫维奇在第二队的表现令人震惊(2003/04赛季进了21个球)，但当他看到和他一起学习的施魏因施泰格和特罗霍夫斯基一个接一个地进入拜仁的第一队时，他感到被遗忘了。
2004年夏天，22岁的米西莫维奇看不到进入一线队的希望，毅然离开巨人队，以自由转会的方式加盟德国德甲弱队波鸿。
三个出来
米西莫维奇这个名字在塞尔维亚语中的意思是“星星”，它们是能在茫茫黑夜中发光的星星空。
到达波鸿后，星光灿烂。在2004/05赛季，米西莫维奇只是波鸿队的常规轮换球员，但他交出了一份令人震惊的成绩单，出场31次，进3球，助攻7次。然而，博宏团队的整体实力有限。赛季结束后，米西莫维奇不得不跟随球队前往德国B..
在2005/06赛季的首场比赛中，23岁的米西莫维奇出现在大家熟悉的前腰位置，并梅开二度，帮助球队以四个进球击败对手。这场淋漓的胜利似乎为波鸿队整个赛季的表现定下了基调。自赛季第六轮以来，波鸿队从未让联赛榜首的位置溜走，最终强势回归德甲。在成为波鸿队的绝对主力和中场核心后，米西莫维奇用11个进球和6次助攻展示了自己。