西来庵事件的“被告人”
（图片：Wikipedia）▼
不过这并不代表侵略者也有仁慈的一面，日军后来继续追击并且采取了“清乡”，对起义的台湾人进行了有据可查的种族屠杀。
按户政资料考证，这一事件造成死难者1.2万余人，其中大多数都是老人、孩子和妇女，他们成为了日军发泄兽欲的无辜亡魂。
现位于台南市虎头山的余清芳纪念碑
（图片：Pbdragonwang/ Wikipedia）▼
该事件后，驻台湾的日本侵略者大为光火。他们绝不会反思是自己的侵略行径引起了岛内民众的愤怒，而将民众的反抗归咎于传统中国民间信仰。时任日据台湾总督的安东贞美就在主持会议时说：“义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也该知道，迷信是不能依赖的。”
为了避免类似事件再次发生，日本开始加大力度整饬台湾民间信仰问题，台湾总督府也因此事件，展开更深入的宗教“惯习”调查。1915-1918 年，后任总督府社寺课长的丸井圭治郎主持了一次深入的宗教调查，并撰写了《台湾宗教调查报告》。
全书共十四章，将道教，佛教，儒教，斋教等进行了调查分析
并对于神道教在台湾的推行作了指导
（图片：https://dl.ndl.go.jp/）▼
天照大神是唯一
这次调查之后，日本确立了在台湾“尊佛抑道”和“信仰皇化”的宗教政策。首先在佛教上，给台湾当地的佛教给予一定的政治地位，但千方百计地割裂台湾佛教与大陆佛教的联系，而加强其向日本佛教的转变。
裕仁皇太子参观台南神社
把日本神社文化强行渗入到台湾人民的生活中
再进而改变他们的思想
（图片：wikipedia）▼
除了将台湾佛教纳入日本佛教系统之外，僧侣法名也须参照日本惯例，加冠俗家姓氏；必须沿用日式的黄衫僧服，举行日式的礼佛仪式，改用日文传法和写作，接受日式的戒律和各种仪轨等;连佛寺的法器也要改行日本佛教规范。
日本当局还促成了日本佛教各宗派与台湾本土佛教各派的联合，成立了一些佛教教育机构和全岛性佛教组织，如佛教学校—“台湾佛教中学林”和全岛性统一组织——“南瀛佛教会”等。
台湾佛教中学林是台湾第一所私立高中
最初就是以收教愿昄依佛教的男学生为目的
只不过这里的佛教是充满了日本政治色彩的
（图片：https://uniform.wingzero.tw/）▼
这些佛教的领导层，主要以台湾当地的宗教领袖和地方势力为骨干，统一受日本当局和日本佛教教团的管控。借助这种较隐蔽而温和的联合方式，日本佛教日渐地扩大了传教据点，对殖民当局的宗教日本化政策起到了策应作用。