短短两个月，玄奘组织了一个规模空之前的一流“翻译场”，汇聚了当时帝国首屈一指的佛教人才。
玄奘知道，没有皇帝的允许和政府的财政支持，这显然是不可能的。所以他做了一些有底线的妥协。
他要求皇帝派五名卫兵把守大门。他说的理由是长安有万人空巷，担心翻译会被打扰。他之所以没有说出来，是因为他知道唐太宗对他有所怀疑，派人看门可以让唐太宗安心。
他在开始翻译佛经的工作时，立即应唐太宗的要求，日夜撰写了一部十万字的《大唐西域记》，作为唐朝治理西域的指南。
他虽然反对将佛教理论依附于道教，但在唐太宗的紧急命令下，组织并参与了将老子《道德经》翻译成梵文的工作，并在第二次出使印度中部时被王玄策带走。
这些都保证了玄奘翻译的顺利进行。
为了换取皇权的支持和宠爱，他不得不违心地完成朝廷交给他的一些任务。
唐太宗在生命的最后两三年，对佛教和玄奘的态度发生了一些微妙的变化。玄奘曾经给皇帝详细看过他正在翻译的《瑜伽师地论》。唐太宗看了以后，甚至称“佛教博大”，承认自己以前对佛教的批评都是无稽之谈。孙昌无极、褚遂良等与玄奘交好的要员趁机为玄奘美言几句，唐太宗便送了玄奘一件价值百金的袈裟，以示对玄奘的重视。
为了让佛教在唐朝站稳脚跟，玄奘此前曾向唐太宗乞求佛经，但遭到拒绝。这一次，唐太宗终于同意了，写了《唐三藏圣教序》。皇太子李治也被感染，写了《故事会》。这两篇文章成为唐代佛教长期传播的护身符。
贞观二十三年(649年)，唐太宗身体状况越来越差。玄奘放下手边的译经，陪他从唐太宗到钟南山翠微宫疗养。他在御榻前讲课，给病重的皇帝很大的解脱。
直到唐太宗去世，玄奘才随送葬队伍回到长安。
四
新皇帝上台后，随着政治的大起大落，玄奘的命运变得更加危险。
因为唐太宗晚年转向佛教，当时的皇太子李治为了讨父亲欢心，与玄奘频繁交往。但和父亲早年一样，李贽也是道家的粉丝，追求炼丹术和长生不老。
唐高宗李治继位后，逐渐脱去伪装，改变了对佛教和玄奘的态度。
永辉六年(655年)五月，仍在掌管医药，为皇族服务的吕才，公开质疑玄奘佛教权威的缺失，因为他发现玄奘的三个弟子互相矛盾，无法达成一致。吕彩在玄奘弟子的释文中列举了40余篇，并写了一本书，在执政和在野党中广泛流传，以对抗玄奘。
这件事对玄奘造成了极大的伤害。他的弟子回力后来写信给左普社和阎国公余志宁求助。也许是在朝鲜高官的干预下，吕财才不再大肆宣扬。
这场学术官司终于来到了皇帝面前。唐高宗命众大臣并众去赍集，玄奘与吕彩相见。
