尽管如此，一生信仰儒家道统的蒋介石，还是对孔德成予以了特殊礼遇，1935年7月，在孔德成就任“大成至圣先师奉祀官”的仪式上，国民党大佬陈立夫出面主持，戴季陶监督，蒋介石也亲自出席观礼。
尽管“衍圣公”的封号不再，但作为中国道统的象征，孔德成仍然被赋予了特殊的含义，对此，在当时的乱世中，日本人也居心叵测，并几次三番试图诱惑末代衍圣公孔德成前往日本。
1937年抗战全面爆发后，当年年底，日军侵入山东鲁南，面对曲阜即将沦陷敌手的危亡局面，为了抢救作为中国道统象征的末代“衍圣公”孔德成，蒋介石特地命令国民党第二十师师长孙桐萱率兵到曲阜孔府，连夜护送孔德成逃出曲阜。
孔德成离开孔府仅仅两个小时后，日军就攻占了曲阜孔府。
后来，孔德成的堂弟、同为孔子77代裔孙的孔德墉回忆说：“现在看来，蒋介石办了一件好事，若孔德成落入日本人之手，后果不堪设想。起码会把他绑架至日本，供奉成有名无实的‘伪圣人’。”
孔德成离开曲阜后抵达武汉，随后发表了抗日宣言，武汉沦陷后，孔德成又跟随国民政府退往重庆继续坚持抗战，蒋介石则下令特地在重庆歌乐山为末代“衍圣公”修建了奉祀官府，并且让他参加国民党的参政会。
▲蒋介石在1937年，“抢救”了末代衍圣公孔德成。
如何对待作为中华文明象征的曲阜孔庙，早在日军进占曲阜之前，日本东京大学教授高田真治就上书日本军部说：
“山东作战，如破坏曲阜古迹，日本将负破坏世界文化遗迹的责任。”
为此，日本军部特地命令前线部队避开在曲阜一带的战斗，日军攻占孔庙后，尽管在其他地方犯下滔天罪行，但对曲阜孔庙却始终毕恭毕敬。
曲阜当地百姓回忆说，曲阜沦陷期间，日军在当地见到孔府的汽车都会鞠躬行礼，进入民宅后，发现墙上有孔子像也会鞠躬致敬。
曲阜沦陷期间，当时随父亲孔令煜一起守护孔府的孔德墉回忆说：
“120名日本兵占领了孔家大院，他们在孔府还算老实、规矩。大院内凡贴上‘内宅，止步’的字样，若没上级批示，日本兵一般不敢贸然闯入。”
“我接待过一位少将，他不敢坐在我的上边，只要我坐在上边的话，他一定会自动地坐在下边。当官的坐在他的旁边，其余的全部都要在外边站着。”
孔令煜回忆说，日本人长期经受中华文明世泽，也有尊孔传统，为此，在曲阜沦陷期间，日本人也将孔府奉若神明，即便是日本军方组团参观，也要规规矩矩地排队。
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抗战胜利后，孔德成一度短暂返回曲阜，1949年时代巨变之际，孔德成又跟随蒋介石漂洋过海到了台湾。